Dr Evgeni Sokurenko, co-fondateur d’ID Genomics et professeur à l’Université de Washington. (Photo UW)
La startup de diagnostic ID Genomics accélérera son développement d’un test rapide pour les variantes du virus COVID-19 avec une nouvelle subvention des National Institutes of Health des États-Unis.
La société basée à Seattle a annoncé mardi la subvention de 300 000 $ aux petites entreprises pour le test basé sur des jauges, actuellement surnommé CovNET. ID Genomics est également éligible à une subvention de suivi pouvant atteindre 3 millions de dollars.
La plupart des tests de dépistage du virus fournissent simplement une réponse « oui » ou « non » pour savoir si une personne est infectée. Le test prototype d’ID Genomics peut également distinguer la variante avec laquelle un individu est infecté, et il peut le faire dans les deux heures.
C’est plus rapide que la méthode de référence, qui consiste à séquencer le génome du virus pour détecter les variantes. Certains tests rapides existants peuvent également détecter une seule variante ou quelques-unes, mais CovNET se distingue en distinguant des dizaines, selon le co-fondateur d’ID Genomics, Evgeni Sokurenko.
Jauges prêtes pour l’analyse. (ID Génomique)
Sokurenko a co-fondé ID Genomics en 2014 dans le but de combiner la surveillance épidémiologique, la bioinformatique et le diagnostic moléculaire. L’entreprise de 6 personnes fournit une variété de services pour identifier différents microbes et leurs sous-types.
En plus de développer le test rapide CovNET, ID Genomics lancera un service de séquençage le jour suivant pour les variantes dans les prochaines semaines. Les chercheurs ont présenté leur approche de séquençage dans une étude récente d’une variante qui a émergé en Californie.
Mais le nouveau test de deux heures pourrait finalement être plus facile à déployer et potentiellement moins cher, facilitant la surveillance « en temps réel » des variantes actuelles et émergentes, a déclaré Sokurenko, qui est également professeur de microbiologie à l’Université de Washington. L’UW est le partenaire académique de la subvention.
Sokurenko a déclaré qu’une détection facile des variantes pourrait « aider à surveiller de près la dynamique pandémique, l’évolution et la propagation virales ainsi qu’à détecter et à contenir les épidémies locales en temps voulu ». De plus, une meilleure détection pourrait soutenir le développement de traitements adaptés à chaque version du virus.
De nouvelles variantes émergent continuellement, et la variante delta hautement contagieuse est désormais dominante aux États-Unis et dans de nombreux autres pays. L’Organisation mondiale de la santé a identifié trois autres « variantes préoccupantes ». Ces variantes sont connues pour être plus désagréables que la version originale du virus, par exemple en se transmettant plus facilement ou en rendant les gens plus malades.
ID Genomics vise un test facile à utiliser qui pourrait être rapidement déployé dans les laboratoires de surveillance épidémiologique du monde entier. « Avec toutes les étoiles alignées, nous pourrions commencer à vendre le kit de test dans quelques mois », a déclaré Sokurenko de CovNET. « L’abordabilité est l’objectif », a-t-il ajouté.
Le test prototype CovNET utilise une technique appelée PCR pour identifier les variantes, qui apparaissent sous forme de bandes sur une bande. L’emplacement et l’intensité des bandes peuvent identifier la variante prédominante dans un échantillon. Chaque bande double face peut identifier jusqu’à 24 variantes et l’utilisation de plusieurs bandes permet la détection de plus de variantes.
Jauge se développant après incubation de l’échantillon dans le nanocycleur. (Photo de génomique d’identité)
L’entreprise développe également une application pour smartphone pour décoder rapidement les bandes et identifier à quelle variante elles correspondent.
CovNET adapte les composants de la technologie construite par Bothell, les laboratoires IEH basés à Wash. pour d’autres types de tests. IEH Laboratories collabore également avec ID Genomics pour développer un « nanocycleur » de poche pour incuber les échantillons. L’appareil alimenté par batterie est capable d’effectuer les cycles rapides de chauffage et de refroidissement dans la partie PCR du test, ce qui amplifie le matériel génétique du virus.
La nouvelle subvention permettra à la startup d’optimiser le prototype de test et de le valider sur un grand nombre d’échantillons cliniques. ID Genomics travaille également sur des accords de fabrication et de distribution.
Il existe un nombre croissant de tests de diagnostic pour COVID-19, dont beaucoup sont suivis par PATH, basé à Seattle. Les nouveaux tests incluent un test PCR à domicile pour détecter le virus d’Amazon, et un test qui peut également dire si vous avez été infecté par le virus dans le passé, développé par Adaptive Biotechnologies, basé à Seattle, en partenariat avec Microsoft.
Mais il y a un besoin de tests qui peuvent permettre une surveillance plus efficace des variantes. L’État de Washington séquence actuellement près de 20% des échantillons de virus pour les variantes, mais c’est plus que la plupart des États et de nombreux laboratoires nationaux.